Dans son avis du 26 octobre 2020, le Conseil scientifique observe depuis la mi-octobre une circulation virale hors contrôle sur l'ensemble du territoire et sur l'ensemble de la population – "et pas seulement chez les jeunes". Cette hausse "de type quasi exponentielle" du nombre de cas est aussi notée dans la majorité des grands pays européens.
Face à cette pandémie Covid-19 "qui va durer dans le temps", le Conseil scientifique propose :
- de tirer des leçons de la stratégie "Tester-Tracer-Isoler" durant la période de mai à septembre 2020 ;
- de surveiller "le niveau de circulation du virus" dans la communautés éducative sachant que "les adolescents de 12 à 18 ans semblent avoir la même susceptibilité au virus et la même contagiosité vers leur entourage que les adultes" ;
- de retenir l'hypothèse d'"une sortie de 2e vague en fin d'année ou début d'année 2021".

"Jusqu'à l'arrivée des premiers vaccins et/ou traitements prophylactiques", le Conseil s'attend à "des vagues successives de recrudescence" de l'épidémie et propose deux stratégies :
- "des mesures de restrictions successives, variables selon les territoires et pour des durées limitées, entrecoupées de mesures plus 'libérales'" ;
- des mesures pour maintenir un contrôle de la circulation du virus à un taux bas impliquant "des mesures fortes et précoces à chaque reprise épidémique".